Pendant l'occupation, la préfecture assure l'essentiel du travail administratif (cabinet, secrétariat général, trois divisions comportant de trois à cinq bureaux chacune), dont la liaison avec l'autorité d'occupation (la Feldkommandantur à Nevers, au niveau départemental), qui fixe ses règles et ses exigences (réquisitions) ; une bonne partie de son activité concerne ainsi les dépenses d'occupation (versement du service ad hoc) et le ravitaillement (fonds de la préfecture, distinct du fonds de la direction départementale 998 W). Après 1945, les services versants se diversifient (création des services ou directions départementaux, versements de la direction régionale de l'INSEE).

Les versements successifs ont été effectués assez rapidement et les documents sont donc présents aux Archives départementales depuis longtemps. Ils ont été mis en chemises à l'occasion du premier classement commencé en 1973 et la plupart des liasses ont été mises en boîtes ordinaires dans les années 2000. Comme pour tous les documents administratifs de cette époque, le papier pelure a été souvent utilisé et sa fragilité impose d'être manipulé avec précautions.

Versements s'échelonnant entre 1942 et 1982 environ (un document isolé dans une liasse des années 1950), reclassés et fusionnés entre 1973 et la fin des années 1990.

En raison de la forte prédominance des documents de l'époque de la Seconde Guerre mondiale, le versement a été scindé en deux périodes : 1940-1945 et après. Pour les deux périodes, le même ordre de rubriques a été suivi : Administration ; Agriculture ; Communication ; Défense ; Economie ; Education ; Environnement, Equipement et Transport ; Justice ; Opinion ; Société ; Temps libre et Sociabilité.

Sont à signaler particulièrement plusieurs séries homogènes de documents : impôt national de solidarité (1945), statistiques agricoles (années 1940, 1955, 1967, 1970), correspondance avec la Feldkommandantur (1940-1944), dépenses d'occupation (dépenses relatives aux réquisitions de personnes, de logements, aux fournitures et travaux pour le compte de l'occupant), travail pour l'ennemi (volontaires, requis, STO), ravitaillement et rationnement (de 1940 à 1949), dossiers de création ou extension d'entreprises (1939-1948), chômage pendant la guerre et enfin feuilles de ménage des recensements de population de 1946, 1954, 1962 et 1968 (ces derniers documents communicables après 75 ans).

999 W est un numéro de versement fictif, destiné à regrouper plusieurs versements sans numéros (pas encore en usage avant 1980) et parfois sans bordereaux. Deux périodes sont à distinguer pour le classement : un premier récolement de différents versements, avec reclassement éventuel et renumérotation systématique, effectué à partir de 1973 (instrument de recherche manuscrit et surtout fiches en carton utilisant un thésaurus matière interne) et un classement virtuel en 2020, qui de ce fait a respecté la lettre des descriptions d'origine et l'esprit de l'indexation matières (remplacée par les termes du thésaurus réglementaire actuel).